LEA
Fakultät für Informatik der Technischen Universität München
Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen
Postadresse: 80290 München; Hausadresse: Arcisstr.21, 80333 München
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Algorithmen der Bioinformatik (SS 00)
(Algorithmische Bioinformatik I)


* Dozent:
Prof. Dr. Ernst W. Mayr
Dr. Volker Heun

* Bereich:
4 SWS Vorlesung im Bereich Informatik III (Theoretische Informatik)
Vertiefende Vorlesung im Gebiet Algorithmen

* Zeit und Ort:
Di 8:30 - 10:00, Hörsaal 1402
Mi 8:30 - 10:00, Hörsaal 0601

* Übung:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Mi 10h c.t. - 12:00, Raum S2225
Beginn: 10. Mai
Übungsleitung: Jens Ernst
Übungsschein: Einen Schein erhält, wer mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben erreicht und erfolgreich an der mündlichen Prüfung teilnimmt.

* Hörerkreis:
Studierende im Hauptstudium der Informatik
Studierende mit Nebenfach Informatik

* Voraussetzungen:
Stoff des Informatik Grundstudiums
Vorlesung Effiziente Algorithmen und Datenstrukturen I vorteilhaft, aber nicht notwendig.

* Empfehlenswert für:
Erweiterte Kenntnisse im Bereich Algorithmen

* Inhalt:
Geplant sind die folgenden Themen:
  • Grundlagen der Biologie
  • Algorithmen zur Textsuche
  • Paarweises Sequenzen-Alignment
  • Mehrfaches Sequenzen-Alignment
  • Fragment Assembly
  • Physical Mapping
  • Genome Rearrangements
  • Strukturvoresage von Proteinen
  • Phylogenetische Bäume

* Weiterführende bzw. verwandte Vorlesungen:
Effiziente Algorithmen und Datenstrukturen I
Effiziente Algorithmen und Datenstrukturen II

* Skript:
Kein Skript.
Weitere Materialien (wie Folien, Literaturhinweise, Links, etc). werden im Laufe des Semesters zur Verfügung gestellt. Diese Seite ist nur aus den Domänen tu-muenchen.de bzw. tum.de und lrz-muenchen.de erreichbar.

* Literatur:
M.S. Waterman:
Introduction to Computational Biology: Maps, Sequences and Genomes
Chapman and Hall, 1995
J.C. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology
PWS Publishing Company, 1997
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology
Cambridge University Press, 1997

* Sprechstunde:
siehe hier


mayr@informatik.tu-muenchen.de