Fakultät für Informatik der Technischen Universität München Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen Postadresse: 80290 München; Hausadresse: Arcisstr.21, 80333 München

Proseminar im SS2001
Algorithmen der Bioinformatik
Themenliste

1. Basic Concepts of Molecular Biology:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 1.
   • Clote-Backofen, Kapitel 1.
   • Waterman, Kapitel 1.
2. Pairwise Sequence Alignment:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.2, 3.3.
3. Multiple Sequence Alignment:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.4.
   • Pevzner, Kapitel 7.
4. Biological Data Bases:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 3.1, 3.5.
   • Gusfield, Kapitel 15.
   • Eigene WWW-Recherche.
5. Fragment Assembly:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 4.1, 4.2, 4.3, 4.4, 4.5.
6. Physical Mapping:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 5.1, 5.2, 5.3.
   • Pevzner, Kapitel 2.
7. Evolutionary Trees: Reconstruction from Character Data:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 6.1, 6.2, 6.3, 6.4.
8. Evolutionary Trees: Reconstruction from Distance Matrices:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 6.5, 6.6.
9. Genome Rearrangements:
   Literatur:
   • Setubal-Meidanis, Kapitel 7.1, (7.2), 7.3.
   • Pevzner, Kapitel 10.1, 10.2, 10.3.
10. Structure Prediction:
    Literatur:
    • Setubal-Meidanis, Kapitel 8.1, 8.2, 8.3
    • Clote-Backofen, Kapitel 6.4, 6.5.

Die ausführliche Themenliste ist auch als PostScript-Datei verfügbar.

Literatur

• J.C. Setubal, J. Meidanis:
  Introduction to Computational Molecular Biology
  PWS Publishing Company, 1997.
  Bitte beachten: Errata et Corrigenda

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• P. Clote, R. Backofen:
  Computational Molecular Biology - An Introduction
  Wiley 2000.
• D. Gusfield:
  Algorithms on Strings, Trees, and Sequences - Computer Science and Computational Biology
  Cambridge University Press, 1997.
• P. Pevzner:
  Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach
  MIT Press, 2000.
• M. Waterman:
  Introduction to Computational Biology
  Chapman & Hall, 1995.