LEA
Fakultät für Informatik der Technischen Universität München
Lehrstuhl für Effiziente Algorithmen
Postadresse: 80290 München; Hausadresse: Arcisstr.21, 80333 München
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Algorithmische Bioinformatik I/II* (WS 01/02)


Aktuelle Hinweise:
* Das Skript ist jetzt verfügbar.

* Dozent:
Prof. Dr. Ernst W. Mayr
Dr. Volker Heun

* Bereich:
4 SWS Vorlesung
Pflichtvorlesung im Studiengang Bioinformatik (Diplom/Bachelor)
Vertiefende Vorlesung im Bereich Informatik III (Theoretische Informatik), Gebiet Algorithmen

* Zeit und Ort:
Mi 10:35 - 12:05, Hörsaal 1260
Fr 10:30 - 12:00, Hörsaal 0220

* Übung:
2 SWS Übung zur Vorlesung
Do 15h s.t. - 16:30, Hörsaal 0601
Übungsleitung: Jens Ernst
Übungsschein: Einen Schein erhält, wer die Semstralprüfung erfolgreich absolviert. Um zur Semestralprüfung zugelassen zu werden, sind die Übungen regelmäßig zu besuchen, und es sind mindestens 40% der Punkte zu den Hausaufgaben zu erreichen.
Klausurtermin: Die Klausur findet am 4. Februar 2002 um 17:45 im Großen Physikhörsaal (1200) statt.
Anmeldung: Wer einen Schein zu dieser Vorlesung erwerben möchte, der möge sich möglichst bald, spätestens bis Ende November anmelden.
*Hinweis: Studenten des Studienganges Bioinformatik, die bereits einen Schein in Algorithmischer Bioinformatik I im Sommersemester 2001 bei PD Dr. Ralf Backofen erworben haben, können sich für diese Vorlesung einen Schein in Algorithmischer Bioinformatik II ausstellen lassen, da diese beiden Vorlesungen unterschiedliche Inhalte behandeln.

* Hörerkreis:
Studierende im Studiengang Bioinformatik
Studierende im Hauptstudium der Informatik
Studierende mit Nebenfach Informatik
* Voraussetzungen:
Stoff des Informatik Grundstudiums

* Empfehlenswert für:
Erweiterte Kenntnisse im Bereich Algorithmen

* Inhalt:
Geplant sind die folgenden Themen:
  • Grundlagen der Biologie
  • Algorithmen zur Textsuche
  • Paarweises Sequenzen-Alignment
  • Mehrfaches Sequenzen-Alignment
  • Fragment Assembly
Eine aktuelle Liste der behandelten Themen ist ebenfalls verfügbar.

* Weiterführende bzw. verwandte Vorlesungen:

* Skript:
Das Skript ist jetzt verfügbar.
Weitere Materialien zur Vorlesung (nur innerhalb der Domain tum.de und lrz.de frei verfügbar)

* Literatur:
M.S. Waterman:
Introduction to Computational Biology - Maps, Sequences and Genomes
Chapmann and Hall, 1995
J. Setubal, J. Meidanis:
Introduction to Computational Molecular Biology
PWS, 1997
D. Gusfield:
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences - Computer Science and Molecular Biology
Cambridge University Press, 1997
P.A. Pevzner:
Computational Molecular Biology - An Algorithmic Approach
MIT Press, 2000
P. Clote, R. Backofen:
Computational Molecular Biology - An Introduction
Wiley, 2000

* Sprechstunde:
siehe hier


mayr@informatik.tu-muenchen.de